为落实科教兴国战略，延揽海内外中青年学界精英，培养造就高水平学科带头人，带动国家重点建设学科赶超或保持国际先进水平，在国务委员、时任教育部部长陈至立同志的亲自主持下，1998年8月，教育部和李嘉诚基金会共同启动实施了“长江学者奖励计划”。“长江学者奖励计划”包括特聘教授、讲座教授岗位制度和长江学者成就奖。在党和国家领导人的直接关怀和高度重视下，在中央有关部门和社会各界的大力支持下，经过高等学校和长江学者们的共同努力，“长江学者奖励计划”成效显著，硕果纷呈，在海内外引起了强烈反响和普遍好评，已经成为国家重要的高层次人才计划。
2004年，为全面贯彻党的十六大精神和全国人才工作会议精神，深入实施科教兴国和人才强国战略，教育部对“长江学者奖励计划”进行了调整，进一步加大了实施力度，每年计划聘任特聘教授、讲座教授各100名，聘期为三年，李嘉诚基金会继续给予了一定支持。新一轮“长江学者奖励计划”认真落实中央关于哲学社会科学与自然科学并重的方针，将实施范围扩大到人文社会科学领域；增加了讲座教授招聘数量，大力吸引更多的海外知名学者短期回国或来华进行合作研究；更加重视发挥高等学校在长江学者岗位设置、遴选聘任和提供科研配套条件等方面的主体作用；进一步强化长江学者岗位与科技创新平台、重点研究基地的紧密结合，积极探索“学科带头人+创新团队”的人才组织新模式，努力实现设岗、选人与做事的有机统一，为优秀人才的发展提供更大的空间。
为进一步发挥中国内地、港澳地区高等学校和中国科学院研究机构的整体优势，2005年6月教育部与李嘉诚基金会联合召开新闻发布会，对“长江学者成就奖”实施办法作出了重要调整，将奖励范围由内地高等学校扩大到港澳地区高等学校和中国科学院所属研究机构。“长江学者成就奖”获奖人员遴选条件是：科学道德高尚、年龄在50岁以下、主要在自然科学领域取得国际公认领先水平的重大科研成果或者突破性进展的杰出华人学者。该奖项每年计划评选一等奖1名，奖励人民币100万元，二等奖3名，每人奖励人民币50万元，奖金仍由李嘉诚基金会全额捐赠。
“长江学者奖励计划”的实施有效地凝聚了一批高层次人才在高校从事科研、教学工作，特别是吸引了一批学术上卓有建树的海外优秀学者回国工作或为国服务。1998年至2006年共有97所高校分八批聘任了799位特聘教授、308位讲座教授，14位优秀学者荣获“长江学者成就奖”。1107位长江学者特聘教授、讲座教授中，98%的具有博士学位；94%的具有在国外留学或工作的经历；上岗时平均年龄42岁，最小的30岁；特聘教授中，直接从海外应聘或近三年回国工作的231人，讲座教授全部从海外应聘。
在“长江学者奖励计划”的支持和激励下，一批长江学者已经成长为许多学科领域的领军人物，取得了一系列重要研究成果。截至2006年，有24位长江学者特聘教授当选为中国科学院院士、中国工程院院士；有57位长江学者特聘教授担任“973”计划首席科学家；有30位长江学者特聘教授取得的39项重大成果分别入选“中国十大科技进展新闻”、“中国基础研究十大新闻”以及“中国高校十大科技进展”；有175项由长江学者特聘教授主持或作为主要完成人参加的科研成果获得了国家三大科技奖；70位长江学者指导的88名博士研究生获得了“全国百篇优秀博士论文奖”。
“长江学者奖励计划”的实施，有力地推动了高校人事制度改革，促进了高校国际合作与交流，带动了地方和高校高层次人才队伍建设。其制度内涵包括的“按需设岗、公开招聘、竞争上岗、合同管理”和“以岗定薪、优劳优酬”的理念，已经成为高校用人和分配制度改革的基本思路。长江学者充分发挥与海外学术界联系广泛的优势，通过主持或参加国际学术会议、参与国际科技合作、联合培养青年教师与学生等多种方式，积极拓展国内高校参与国际合作与交流的空间和渠道。在“长江学者奖励计划”的带动下，“珠江学者计划”、“闽江学者计划”、“天府学者计划”等一批人才计划相继实施，许多高校也实施了一批相应的人才计划。一个有利于优秀人才脱颖而出和充分发挥作用的环境氛围正在高校逐渐形成。
“长江学者奖励计划”的实施，得到了社会各界尤其是学术界、高教界的高度评价。诺贝尔物理学奖获得者杨振宁先生认为“长江学者奖励计划”是中国为实现“科教兴国”的一个非常重要的环节，是一个非常了不起的壮举。中国工程院外籍院士、著名分子生物学家吴瑞先生认为该计划对推动中国在不少领域赶上世界水平方面会起不小的作用。许多大学校长评价这个计划开辟了人才使用的新模式，是集选才、引才、奖励、支持四位一体的高层次人才计划。
